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西交利物浦大學團隊開發(fā)檢驗基因表達“開關”可靠性的數(shù)據(jù)庫

發(fā)布時間:2025-12-04 作者:王璐謠 寇博 來源:中國教育新聞網(wǎng)

中國教育新聞網(wǎng)訊(通訊員 王璐謠 寇博近日,西交利物浦大學理學院生物科學與生物信息學系魏震博士團隊,聯(lián)合利物浦大學研究者,在國際權威期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research)上發(fā)表最新成果,推出了整合多種m6A檢測技術并通過交叉驗證的數(shù)據(jù)庫——m6AConquer。目前,m6AConquer數(shù)據(jù)庫和所有分析工具已免費向全球科研人員開放。

在生命科學研究中,“RNA修飾”就像基因表達的“隱形開關”,控制著細胞何時、以何種方式制造蛋白質。其中最常見的一種叫 m6A(N6-甲基腺苷),它影響著RNA的穩(wěn)定性和蛋白質合成效率,被認為與細胞功能乃至疾病發(fā)生密切相關。長期以來,這個領域一直存在一個“煩惱”:不同實驗室得到的結果經(jīng)常對不上。同一個基因、同一個核苷酸位點,在一篇論文里被標成“有修飾”,在另一篇論文里卻顯示“沒有”。這種結果前后不一致的情況,讓科研人員很難判斷究竟哪些修飾是真實的、能重復驗證的。

魏震說:“過去研究者各說各話,現(xiàn)在終于有了一個能‘對齊’所有數(shù)據(jù)的共同坐標系?!?/span>

研究團隊借鑒了國際著名的 ENCODE人類基因組計劃的統(tǒng)計框架,采用 IDR模型來衡量不同檢測方法之間的結果一致性。最終,他們識別出了超過13.5萬個高置信度的m6A修飾位點(IDR < 0.05),這些位點在不同的正交實驗技術之間表現(xiàn)出統(tǒng)計顯著的可重復性

魏震表示:這項分析首次在該領域中建立了嚴謹?shù)?/span>真實標準(ground truth數(shù)據(jù)集,讓不同 m6A 檢測方法的性能評估成為可能。科研人員以直接利用這些經(jīng)過多平臺驗證的修飾位點作為統(tǒng)一參考,不再需要為技術差異反復調整。這樣不僅提高了研究的一致性和可重復性,也為后續(xù)算法開發(fā)與疾病機理研究提供了可靠的參照系。

除了確保數(shù)據(jù)的可靠性,魏博士團隊還關注“可用性”——如何讓這些數(shù)據(jù)更容易被科學家使用。

m6AConquer建立了一個標準化的數(shù)據(jù)共享框架,把原本分散、復雜的多組學原始數(shù)據(jù)重新整理為“分析就緒”的矩陣化格式。這就像把散落在不同國家的字典整合成同一種語言版本,研究人員無需再花大量時間清洗、對齊數(shù)據(jù),就能直接開展比較、建模和驗證,大幅提升科研效率與可復現(xiàn)性。

魏震表示“這意味著我們不僅能看到RNA修飾的‘結果’,還開始理解它背后的‘原因’。有些基因突變可能正是通過影響RNA修飾水平,間接改變了疾病風險……我們希望這一開放資源能夠成為推動表觀轉錄組學從‘數(shù)據(jù)整合’走向‘機制理解’的重要一步?!?/p>

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